Bosna-Hersek'in bilinen tarihi Hint-Avrupa menşeli İlliryalılarla başlar. Bölge Romalılar tarafından ele geçirilince Panoonia eyaletinin İllyricum bölümüne bağlandı. Slavlar bölgeye M.S. 7. asırda gelmeye başladılar. 961'den sonra Bosna Sırbistan'ın diğer bölümlerinden ayrıldı. Bağımsız siyasi ve coğrafi bir birim olarak kabul edildi.

Bölgeye ilk Türk akınları 1386 senesinde başladı. Bu sırada Bosna tahtında Beşinci Tvartko bulunuyordu. Kosova Savaşında Sırpların mağlubiyeti ve ardından Üsküp'ün fethi Bosna'nın durumunda önemli değişikliklere sebep oldu. Son kral Stefan Tomeseviç Bosna'da yaşayan kalabalık Bogomil mezhebine bağlı olanlara Papanın isteği doğrultusunda adil davranmayınca Fatih Sultan Mehmed Han bölgeyi rahatlıkla Osmanlı topraklarına dahil etti.

Slav Hırvat ve Avar karışımı olan Boşnaklar 10. asırda Bogomil mezhebine bağlıydılar. Teslisi ve Hazret-i İsa'nın tanrının oğlu olduğunu kabul etmeyen inançları yüzünden uzun süre çevredeki diğer Hıristiyanların baskısı altında kaldılar. İnançları yüzünden bölge Osmanlılar tarafından fethedilince kolayca İslamiyeti seçerek Müslüman oldular. Anadolu'dan gelen dervişler yoluyla İslamiyet bölgede hızla yayıldı.

Bosna Osmanlı yönetimine geçince bir sancak haline getirildi. Kanuni Sultan SüleymanHan zamanında Macaristan'da kalan kuzey toprakları da fethedilince eyalet statüsüne alındı. Bosna eyaletine atanan ilk beylerbeyi Gazi Ferhad Paşa oldu. 19. asırdaki gelişmeler ve Osmanlı İmparatorluğunun batıda aldığı yenilgiler Bosna eyaletini önemli ölçüde etkiledi.

1827'de ilk ıslahatı gerçekleştiren ve gönüllü Yeniçeri Ocağını kaldıran Beylerbeyi Abdurrahman Paşa güçlü bir askeri örgüt kurdu. Eğitim ve öğretim işlerini yürütmekle vazifeli maarif müdürlüğü kuruldu. Bu aynı zamanda Osmanlı Devletinde ilk maarif müdürlüğüydü. 1976'da Hersek ayrılarak önce mutasarrıflık daha sonra da iki sancaklı küçük vilayet oldu. 1878'de yapılan Berlin Antlaşması ile Bosna'nın Avusturya-Macaristan'ın denetimine bırakılmasıyla büyük bir bunalım patlak verdi.

Resmen Osmanlı Devletine bağlı kalmasına rağmen Berlin Antlaşmasına dayanarak Avusturya-Macaristan İmparatorluğu Bosna-Hersek'i işgal etti ve eyaletin yönetim hakkını ele geçirdi. İkinci Meşrutiyetin ilanından faydalanan Avusturya-Macaristan İmparatorluğu bölgeyi 7 Ekim 1908 tarihli bir kararname ile kendi topraklarına ilhak etti. İlhak kararı Rusya Sırbistan Osmanlı İmparatorluğu ve Avusturya-Macaristan İmparatorluğu arasında çok yönlü bunalıma sebep oldu.

Avusturya-Macaristan yönetiminde yeni anayasayla seçmenler üç seçim grubuna ayrıldı. Her grupta Ortodoks Katolik ve Müslümanlar için sabit oranda sandalye belirlendi. Bu durum Sırp milliyetçiliğinin tepkisine sebep oldu ve gerginlik 28 Haziran 1914'te Avusturya Arşidükü (veliaht) Franz Ferdinand'ın Saraybosna'da Bosnalı bir Sırp öğrenci tarafından öldürülmesine kadar vardı. Bu olay da Birinci Dünya Savaşınin başlangıcıdır.

Bosna-Hersek 26 Ekim 1918'de Sırp Hırvat ve Sloven krallığının bir parçası olarak Sırbistanla birleştirildi. İkinci Dünya Savaşına kadar bu krallığın parçası olan Bosna-Hersek 1946'da Yugoslavya'yı meydana getiren altı halk cumhuriyetinden biri oldu. Nüfusun çoğunluğunu meydana getiren Müslümanlar kökenlerine rağmen Sırp ve Hırvat milliyetinden olarak anılmayı kabul etmediler. 1971'de Yugoslavya Devlet Başkanı Tito Müslümanlara ulus statüsü tanıdı ve Bosna-Hersek'te büyük "M" ile yazılan Müslüman kelimesi sadece din değil bir milliyetin de adı oldu.

Yugoslavya'da 1980 senesinde Tito'nun ölümüne kadar durulmuş olan etnik ve dini çatışmalar yeniden alevlendi. Sovyetler Birliği ve doğu bloku ülkelerinde başgösteren reform süreci Yugoslavya'da da büyük değişikliklere sebep oldu. 1991'de Anayasanın öngördüğü şekilde devlet başkanlığının federasyon meydana getiren Hırvatistan'a geçmesi lazımken Sırbistan eski Yugoslavya'nın mirasçısı olarak tek başına sahip çıkması ülkede tam bir iç savaşa girmesine sebep oldu. Hırvatistan ve Slovenya'nın bağımsızlık kararı Sırbistan yönetimi tarafından kabul edilmedi. Kanlı çarpışmalar AT ve Almanya'nın yoğun baskıları neticesinde sona erdirildi.

Bosna-Hersek'te 1990 senesi sonlarında yapılan seçimleri kazanarak devlet başkanlığına gelen Aliya İzzet Begoviç Mart 1992'de bir referandumla bağımsızlığını ilan etti. Bunun üzerine Bosna-Hersek Sırplı milislerin yoğun saldırısına maruz kaldı. Bölgeye insani yardım ulaştırmak için bulunan Birleşmiş Milletler askerleri birçok katliama göz yummaktadır. Bosna-Hersek Başbakanı Hakkı Turayliç Birleşmiş Milletlere ait arabadan indirilerek Sırplar tarafından öldürülmesi büyük tepkilere sebep oldu.