Birinci Dünya Savaşı'nın Osmanlılar ve müttefiklerince kaybedilmesi üzerine, İtilaf Devletlerinin Osmanlılarla bir ateşkes anlaşması yapmaları beklenmekteydi. Mustafa Kemal bunun bir an önce yapılması için İstanbul Hükümeti'ni uyarmıştı. Fakat bu sırada Talat Paşa Hükümetten istifa etmişti. Yerine Ahmed İzzet Paşa Sadrazam oldu. Yeni sadrazam, Mustafa Kemal'in eski komutanlarındandı ve iyi niyetliydi. Başkan Wilson'a başvurularak ateşkes anlaşmasının yapılması istendiyse de İngilizler Osmanlı Hükümeti'ne Limni'nin Modros limanında bulunan Agamenon zırhlısına temsilcilerini göndermelerini ve bir anlaşma yapılacağını bildirdi. Mondros'ta yapılacak görüşmelere Damat Ferit Paşa gitmek istiyordu. Bu konuda garip iddiaları vardı Ferit Paşa'nın. O yıllarda İngiltere tahtında bulunan kralın babasının dostu olduğunu söylüyordu. Padişahın kızkardeşi ile evlenmeden önce bir süre Osmanlı İmparatorluğu'nun Londra Elçiliği'nde sekreter olarak çalışmıştı. Bu yüzden eski kralla dostluğu bulunduğunu, şayet önerileri kabul edilmezse, bir zırhlı isteyerek İngiltere'ye gideceğini ve kralı "ben senin babanın dostuyum, istediklerimi kabul et" diye zorlayabileceğini ileri sürüyordu. Bu kadar tutarsız iddialar ileri sürmesi ve padişahın da onun gönderilmesi eğiliminde olduğunun anlaşılması karşısında, Sadrazam Ahmet İzzet Paşa şiddetle karşı koyma zorunda kaldı ve Damat Ferit Paşa'nın gönderilmesine karar verilirse görevinden ayrılacağını bildirdi. Padişah, ısrar edemedi ve Bahriye Nazırı Rauf Bey, Reşat Hikmet ve Sadullah Beyler temsilci olarak seçildiler.
Vis Amiral Calthrope ile yapılan görüşmeler sonunda 30 Ekim 1918 tarihinde Mondros ateşkesi imzalandı. Bu ateşkeste özet olarak şu hükümler bulunuyordu: Çanakkale ile İstanbul boğazları açılacak ve buralardaki savunma tesisleri İtilaf Devletlerince işgal edilecekti. Osmanlı Ordusu terhis edilecek, silah ve cephaneleri yabancılara verilecekti. Donanma teslim edilecek ve belirlenen bir limanda demirli olarak tutulacaktı. Toros tünelleri yabancı devletlerin işgaline terkedilecekti. Telsiz-Telgraf, Osmanlıların kontrolünden çıkarılacaktı. Aynı durum demiryolları için de geçerli idi. Ateşkes anlaşmasının en önemli ve Osmanlılar için en tehlikeli olan yedinci maddesine göre ise, İtilaf Devletleri güvenliklerini tehdit eden bir durum ortaya çıktığı zaman stratejik bölgeleri işgal edebileceklerdi.
Mondros Ateşkesi, Osmanlı İmparatorluğu'nun teslimi anlamını taşıyordu. Sadrazam Ahmed İzzet Paşa da anlaşmanın şartlarını ağır buluyordu. Tek tesellileri, Bulgaristan'a daha ağır şartların kabul ettirilmiş olmasıydı. Mebusan Meclisi anlaşmayı hemen onayladı.
2 Kasım 1918 tarihinde ateşkesin hükümleri Osmanlı Ordusu'na duyurulup buna uyulması bildirildi. Anlaşmanın 19'uncu maddesine göre, Osmanlı İmparatorluğu'nda bulunan Alman ve Avusturyalılar bir ay içinde Osmanlı topraklarını terkedeceklerdi. Buna uyan Liman von Sandres kumandayı Mustafa Kemal'e bırakarak ayrıldı.
Ateşkesin yapılması Mustafa Kemal için bir son değil, yeni bir mücadelenin başlangıcı idi. Manastır'daki askerî okulda iken yakın arkadaşlarına sık sık söylediği ülkesinin kurtuluşu için yapılması gerekenleri uygulama alanına sokmak için harekete geçme zamanıydı. Anadolu'daki kuvvetlerin dağıtılmamasını istiyor ve İstanbul'daki yetkililere küçük bir kuvvet olarak kalsa bile Yıldırım Orduları grubunun muhafaza edilmesini duyuruyordu. Bu istediği kabul edilmeyince mücadelesini başka bir biçimde sürdürmeye karar verdi ve İstanbul'a gitmek için yola çıktı.
Mustafa Kemal'in Adana'dan bindiği tren, 1 Kasım 1918 günü Haydarpaşa istasyonuna gelmiştir. Aynı gün İtilaf Devletlerinin donanmaları da İstanbul'a gelmiş ve adeta şehri kuşatmıştı. Karşıya geçmek için Mustafa Kemal'in Haydarpaşa'dan bindiği motor, bu yabancı savaş gemilerinin arasından geçiyordu. Ne var ki, koskoca imparatorluk büyük bir hezimete uğramış, her yönü ile çöküntü içine düşmüş olmasına rağmen, otuz yedi yaşındaki genç general, ilerisi için ümit doluydu ve gayet sakin bir şekilde limandaki gemilere bakarak "geldikleri gibi giderler" diyebiliyordu.
O günlerde İstanbul büyük bir kargaşa içindeydi, İttihat ve Terakki'nin liderleri Talat, Cemal ve Enver Paşa'lar kaçmışlar, İttihat ve Terakki'nin milletvekilleri ise canlarını kurtarabilmek, sorumluluğu yüklemek için Maliye Nazırı Cavit Bey'i savaşa girmeyi uygun bulan Şeyhülislam iye partinin genel sekreterliğini yapmış Fethi beyi hedef olarak seçmişlerdi. Padişah, Sadrazam İzzet Paşa'ya bu üç kişinin kabineden çekilmesi gerektiğini bildirmişti. İzzet Paşa bunu kabul etmedi ama, kendisine de daha fazla bu görevde kalmayı istemiyordu. Mustafa Kemal İstanbul'a geldiği gün Rauf Beyle birlikte hemen İzzet Paşa'ya gittiler. Onun hükümetten istifa etmesine engel olmak istiyorlardı. Osmanlı Hükümeti emin ellerde olmalı ve birlikte mücadele sürdürmeliydi. Ancak bu sırada padişah, sadrazamlığa Tevfik Paşa'yı atamıştı bile. Bu durumda yapılacak iş, Mebusan Meclisi'ne etkili olmak ve Tevfik Paşa kabinesine güvenoyu verilmesini engellemekti.
Mustafa Kemal bu konuda çalışmaya başladı. Görüşme olanağı bulduğu bütün milletvekillerine düşüncesini açıklıyor ve Tevfik Paşa kabinesine güvenoyu verilmemesini anlatıyordu. Fethi Bey'in aracılığı ile Mecliste milletvekilleriyle toplu bir konuşma yapma fırsatını dahi buldu. Her zaman olduğu gibi son derece etkili konuşmuş, inandırıcı olmuştu. Ne var ki, sıra oylamaya gelince yine de Tevfik Paşa kabinesine güvenoyu verdiler. Meclisten istediği sonucu alamayan Mustafa Kemal, veliahtlığı zamanından beri tanıdığı ve birlikte Almanya'ya seyahat ettiği padişaha başvurmayı düşündü. Vahdettin ile görüşmeye gittiği zaman padişah gayet kesin bir şekilde ordudaki subayların kendisine bağlı olup olmadıklarını öğrenmek istemişti. Mustafa Kemal, bunun aksine düşünmesinin mümkün olmadığını söylediği zaman da "sadece bugünü değil, yarını da kastediyorum" cevabını aldı. Bu durumda genç generalin düşündüklerini sultana açmasına neden kalmamıştı. Padişahın girişeceği bazı hareketler vardı, açıkçası Meclisi kapatmaya karar vermişti, 21 Aralık 1918 tarihinde Osmanlı parlamentosu dağıtıldı.
Bu arada İtilaf Devletleri ateşkes anlaşmasına aykırı olarak ülkenin pek çok yerini işgal etmeye başlamışlardı. İzmit, Eskişehir, Afyon, Samsun, Batum ve Merzifon'a İngilizler birliklerini çoktan göndermişlerdi. Halbuki Mondros'taki görüşmelerde İngiliz Amirali Calthrope, Rauf Bey'e söz vermiş ve ülkenin işgal edilmeyeceğini bildirmişti. Ne var ki şimdi 7'inci maddeye dayanarak güvenliklerinin tehliaaae düştüğünü söylüyorlardı. Özellikle İngiliz Başbakanı Lloyd George Türklere hayat hakkı tanımak istemiyordu. Yine anlaşma hükümlerine dayanarak İtalyanlar da Konya, Alaşehir ve Afyon'a küçük birlikler göndermişlerdi. Böylece demiryollarını yönetimleri altına alıyorlardı. Fransızlar da hemen Adana'ya asker çıkardılar.
Yabancı devletlerin ülkenin çeşitli bölgelerine girmeleri, yerli azınlıkların da devletin çökmesi için el altından ya da açıktan çalışmalar yapmalarına neden oluyordu. İstanbul Rum Patriğinin yönetimindeki Mavi Mira Derneği'ne Yunan Kızıl Haçı, Göçmenler Komisyonu da yardımcı olarak illerde çeteler kurup propaganda çalışmaları yapıyorlar ve Ermeni patriği Zaven Efendi de bunları destekliyordu. Karadeniz kıyılarında bir Pontus devleti kurmak için de bir dernek meydana getirilmişti. Öte yandan İngiliz Muhibleri Cemiyeti, İmparatorluğu güya dünyanın en üstün yapıdaki insanları olan İngilizlerin himayesi altına sokabilme mücadelesine girişmişti. Üstelik bu cemiyete Hürriyet ve İtilafçılar da katılıyordu. Ali Kemal gibi bir nazır ve yazar, Sait Molla gibi bir softa da bunlarla birlik olmuştu ve hepsini yöneten de İngiliz Din Adamı Rahip Frew idi. Bunların dışında Kürt Teali Cemiyeti, Teali İslam Cemiyeti gibi ülaaai bir azınlığın eline geçirme ya da bir din devleti kurma çabalarını sürdürmek isteyenler vardı.